公開リソースダウンロード
cMRI及びcMRI2プロジェクトに関連するソフトウェアやデータなどを公開しています。
臨床研究デザインと医用統計の実践法入門①～③ 講演資料
岩手医科大学内科学講座消化器・肝臓内科分野の遠藤龍人先生によるYoung Investigators’ Seminar特別講演の資料です。
灌流画像解析ソフトウェア PMA
ASIST-Japan(Acute Stroke Imaging Standardization Group – Japan)プロジェクトの分担研究者である、工藤與亮講師(超高磁場MRI診断・病態研究部門)が開発した、灌流画像解析ソフトウェア PMA(Perfusion Mismatch Analyzer)です。以下よりダウンロード可能です。
ダウンロード（ASIST-Japanへリンク）
※ ASIST-Japan： 厚生労働省平成17年度循環器病研究委託費の公募研究課題(17公-3)に基づく研究プロジェクトグループです 【詳細】
特発性正常圧水頭症CSF容積解析のためのROIデータ
特発性正常圧水頭症（idiopathic Normal Pressure Hydrocephalus, iNPH）は歩行障害、認知障害、尿失禁の3つを主な症状とした高齢者の疾患で、髄液短絡術（シャント手術）により治療可能である事からアルツハイマー病やパーキンソン病との鑑別が重要とされています。超高磁場MRI診断・病態研究部門では全脳を対象とした自動容積解析手法であるVoxel-based morphometry(VBM) を用いてiNPHの鑑別診断及び経過観察を目的とした自動CSF容積解析を行なっており、以下の研究で高い感度・特異度でiNPHをアルツハイマー病及び健常高齢者と鑑別できることを報告しています。
Yamashita F, Sasaki M, Takahashi S, Matsuda H, Kudo K, Narumi S, Terayama Y, Asada T. Detection of changes in cerebrospinal fluid space in idiopathic normal pressure hydrocephalus using voxel-based morphometry. Neuroradiology, 2010. 52(5): p. 381-386. [PubMed]
この研究で作成したROIデータを以下からダウンロードする事ができます。
ダウンロード
（下記に同意の上、ご利用願います）
＜免責・禁止事項＞
・本データは、ご利用者様の責任において使用してください。本データを使用したことによる一切の損害に対して、著作権者及び本学は責任を負いません。
・本データの著作権は、山下典生に帰属します。
・本データは無償ですが、複製・再配布はできません。また、販売（有償配布）や営利目的での利用はできません。
・上記内容に同意できない場合は、本データを使用できません。
造影剤到達遅延効果の検証データ(Digital Phantom)
灌流画像解析では、造影剤到達時間の遅延(delay)がCBF、CBV、MTTなどの解析パラメータに影響を及ぼす場合があります。これを造影剤到達遅延効果と言います。この効果を検証するため、CT灌流画像の右側半分（左半球側）をシフトさせた画像データを作成しました。以下よりDICOM画像データをダウンロードできますが、遅延なし（オリジナル）と+1～+5秒分及び-1～-5秒分シフトさせた画像の、合計11データとなっています。詳細は下記論文をご覧ください。
（下記に同意の上、ご利用願います）
＜免責・禁止事項＞
・本データは、ご利用者様の責任において使用してください。本データを使用したことによる一切の損害に対して、著作権者及び本学は責任を負いません。
・本データの著作権は、工藤與亮に帰属します。
・本データは無償ですが、複製・再配布はできません。また、販売（有償配布）や営利目的での利用はできません。
・上記内容に同意できない場合は、本データを使用できません。
灌流画像解析の精度検証用データ(Digital Phantom)
CT・MR灌流画像は、急性期脳梗塞や慢性期脳虚血、脳腫瘍などの血流動態の評価に幅広く利用されています。現在、灌流画像を解析するためのソフトウェアが数多く存在しますが、ソフトウェア・アルゴリズムによって解析結果が異なることが問題となっています。そこで、解析精度を検証するために、CBF・CBV・MTT・造影剤到達遅延の４パラメータについて、複数の真値を設定し画像に埋め込んだディジタルファントムデータを作成しました。詳細は下記論文をご覧ください。
ダウンロード（MR灌流画像用）
（下記に同意の上、ご利用願います）
＜免責・禁止事項＞
・本データは、ご利用者様の責任において使用してください。本データを使用したことによる一切の損害に対して、著作権者及び本学は責任を負いません。
・本データの著作権は、工藤與亮に帰属します。
・本データは無償ですが、複製・再配布はできません。また、販売（有償配布）や営利目的での利用はできません。
・上記内容に同意できない場合は、本データを使用できません。
NifTi形式からDICOM形式へのファイル変換ソフトウェア(NifTI_DICOM_Converter)
DICOMファイルをNIfTIフォーマットに変換する場合、DICOMヘッダに格納されている多くの情報が失われてしまいます。このソフトウェアはNifTIファイルの画像データに元々のDICOMヘッダを付け加えることで、NifTI（nii）からDICOMファイル(dcm)へ変換します。工藤與亮講師(超高磁場MRI診断・病態研究部門)によって開発されました。 例えば、SPMではDICOM形式からNifTIやAnalyze形式へ変換してから様々な処理を行いますが、処理後のファイルをDICOM形式に戻して、DICOMビューアで確認したい場合や3Dワークステーションで解析したい場合、本ソフトウェアが役立ちます。操作方法は、以下の通りです。
1. 「Open NifTI」ボタンを押し、NifTIファイルを選択します。
2. 「Open DICOM」ボタンを押し、DICOMファイルを選択します。ここで選択するDICOMファイルは、NifTIファイルを作成する際の元データとなります。
3. 最後に「Save DICOM」ボタンを押して、保存先を指定し、DICOMファイルを出力します。ここで1と2のスライス枚数が同じでない場合は、「Save DICOM」ボタンは無効の状態となります。シリーズ番号を変更したい場合は、右下の「New Series No.」のところで設定可能です。
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・本ソフトウェアは、ご利用者様の責任において使用してください。本ソフトウェアを使用したことによる一切の損害に対して、著作権者及び本学は責任を負いません。
・本ソフトウェアの著作権は、工藤與亮に帰属します。
・本ソフトウェアは無償ですが、複製・再配布はできません。また、販売（有償配布）や営利目的での利用はできません。
・本ソフトウェアは医療機器ではありません。本ソフトウェアにより作成されたDICOM画像は診断目的での使用はできません。
・上記内容に同意できない場合は、本ソフトウェアを使用できません。
MR画像の信号不均一補正法
高磁場MRIでは、RF磁場（B1）やコイル感度の不均一性に起因する信号不均一（信号ムラ）が発生します。信号ムラの補正（以下、ムラ補正）は、シミングなどのハード的に解決する方法と、画像処理による解決方法の２種類があります。ここでは、Statistical Parametric Mapping（SPM）というフリーのソフトウェアを利用した画像処理によるムラ補正方法の紹介（マニュアル）と本処理を自動化した MATLAB®のscriptファイルを公開しています。詳細は下記論文をご覧ください。
Uwano I, Kudo K, Yamashita F, Goodwin J, Higuchi S, Ito K, Harada T, Ogawa A, Sasaki M: Intensity Inhomogeneity Correction for Magnetic Resonance Imaging of Human Brain at 7T. Medical Physics 2014 Feb;41(2):022302 [PubMed]
マニュアルは以下からダウンロードできます。
Matlabのscriptファイルは以下からダウンロードできます。
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＜免責・禁止事項＞
・本データは、ご利用者様の責任において使用してください。本データを使用したことによる一切の損害に対して、著作権者及び本学は責任を負いません。
・本データの著作権は、山下典生に帰属します。
・本データは無償ですが、複製・再配布はできません。また、販売（有償配布）や営利目的での利用はできません。
・本データにより作成されたDICOM画像は診断目的での使用はできません。
・上記内容に同意できない場合は、本データを使用できません。
individual Voxel-based morphometry Adjusting Covariates (iVAC) ツールボックス
年齢や性別など任意の共変量を調節した上で正常範囲からの逸脱度をzスコアとして算出するSPM向けのツールボックスです。2024年4月現在でSPM8, SPM12に対応しています。
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2024/4/19 update
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・本データの著作権は、山下典生に帰属します。
・本データは無償ですが、複製・再配布はできません。また、販売（有償配布）や営利目的での利用はできません。
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ファントムを用いた幾何歪み・信号むら補正用ツールボックス（Distortion Correction Toolbox）
専用のファントムを用いてMR頭部画像の幾何歪みと信号むらを推定・補正するSPM用のツールボックスです。SPM12に対応しています。
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＜免責・禁止事項＞
・本データは、ご利用者様の責任において使用してください。本データを使用したことによる一切の損害に対して、著作権者及び本学は責任を負いません。
・本データの著作権は、山下典生に帰属します。
・本データは無償ですが、複製・再配布はできません。また、販売（有償配布）や営利目的での利用はできません。
・上記内容に同意できない場合は、本データを使用できません。
トランスジェニックゼブラフィッシュ胚の頭部のタイムラプスイメージング
脳血管系を構成する個々の動脈と静脈の内皮細胞の由来と血管系の形成過程を経時的に明らかにした画像です。以下の「ダウンロード」より、ムービー（AVIファイル）を見ることができます。
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・本データは、ご利用者様の責任において使用してください。本データを使用したことによる一切の損害に対して、著作権者及び本学は責任を負いません。
・本データの著作権は、磯貝純夫に帰属します。
・本データは無償ですが、複製・再配布はできません。また、販売（有償配布）や営利目的での利用はできません。
・上記内容に同意できない場合は、本データを使用できません。